Truyện tranh "Bí Mật Của Madoka" kể về cô nàng Madoka - một cô gái bí ẩn và lạnh lùng, luôn che giấu bí mật trong tâm hồn mình. Mỗi ngày, Madoka đều xuất hiện với vẻ ngoài lạnh lùng và không gần gũi với ai xung quanh. Tuy nhiên, ít ai biết rằng sau vẻ bề ngoài lạnh nhạt đó là một trái tim đầy bi kịch và sâu thẳm.
Một ngày, khi Madoka gặp phải tình huống khó khăn, cô buộc phải nhờ đến sự giúp đỡ của một chàng trai hồn nhiên và vui vẻ, tên là Kaito. Không những giúp Madoka giải quyết vấn đề, Kaito còn khám phá ra những đau thương kinh hoàng từ quá khứ đã khiến Madoka trở nên lạnh lùng như vậy.
Dần dần, mối quan hệ giữa Madoka và Kaito trở nên gần gũi hơn, khiến cho Madoka phải đối diện với quá khứ đau buồn và học cách tin tưởng và mở lòng trước sự ân cần từ người khác. Đồng thời, câu chuyện cũng hé lộ những bí mật kinh hoàng đằng sau vẻ ngoài lạnh lùng của Madoka, khiến cho người đọc không thể rời mắt khỏi truyện.
