Truyện tranh "Bí Mật Thanh Xuân" xoay quanh cuộc sống của cô học sinh trung học Nguyệt An, một cô học sinh bình thường nhưng luôn che giấu một bí mật to lớn. Nguyệt An có một "bảo bối" đặc biệt là một cuốn nhật ký được truyền qua nhiều thế hệ trong gia đình. Trong cuốn nhật ký ẩn chứa những bí mật sẽ thay đổi cuộc đời của Nguyệt An vĩnh viễn.
Một ngày nọ, cuốn nhật ký bí mật bỗng dưng mất tích, khiến Nguyệt An hoảng loạn. Để tìm lại cuốn nhật ký quan trọng, cô phải lùng sục toàn bộ trường học và vén màn bí mật về quá khứ của mình. Trên con đường đi tìm cuốn nhật ký, Nguyệt An bắt gặp chàng hotboy trường, Hoàng Phong, người đã giúp cô nhiều lần.
Dần dần, Nguyệt An phát hiện ra rằng Hoàng Phong cũng có liên quan đến cuốn nhật ký của mình và cả hai bị cuốn vào một vòng xoay bí ẩn của thời gian và quá khứ đầy rẫy nguy hiểm. Sự thật đằng sau cuốn nhật ký sẽ thay đổi tất cả, và tình cảm giữa Nguyệt An và Hoàng Phong liệu có vượt qua được thử thách của số phận hay không?