Trong cơ thể con người, một cuộc nổi loạn đang nảy lên từ bên trong. Biệt Đội Tế Bào Black, được biết đến với tên gọi "Hataraku Saibou Black", thường hoạt động trong bóng tối, hấp thụ các chất độc hại và chống lại căn bệnh. Thế nhưng, giờ đây, tế bào hàng phòng ngự không còn chịu nổi áp lực. Sự đe dọa từ môi trường ô nhiễm và lối sống không lành mạnh đã khiến cho những chiến binh tế bào đen lâm vào tình trạng kiệt sức.
Trong một cuộc họp khẩn cấp, AE3803, một tế bào đỏ trẻ trung và nhiệt huyết, đứng lên điều hành tuyến tế bào. Ông quyết định mở rộng đội ngũ tế bào Black bằng cách tuyển dụng một số tế bào mới. Tuy nhiên, việc thử nghiệm trên một số tế bào bình thường đã tạo ra những hệ lụy không lường trước. Các tế bào Black dần phát hiện ra rằng, sự hi sinh không phải lúc nào cũng đáng giá và cuộc chiến chống lại sự hủy hoại khác biệt vẫn tiếp diễn, nhưng giờ đây, nó đang ẩn chứa một mối nguy hơn...
