Trong thế giới sống cùng với Digimon, cậu bé Takeru luôn cảm thấy mình bị bỏ rơi giữa cuộc chiến không ngừng giữa người và Digimon. Dù biết rằng Digimon có thể giúp cậu, nhưng áp lực và trách nhiệm trở thành Digidestined vẫn khiến Takeru lúng túng. Đến một ngày, khi chiến đấu với một Đội Trưởng Digimon mạnh mẽ, Takeru phát hiện ra một sự thật gây sốc: Digimon không phải là kẻ thù của con người, mà chúng đang chịu sự kiểm soát của kẻ thù đích thực, Kẻ Ác Độc An.
Với sức mạnh bất ngờ từ sự nhận thức mới, Takeru quyết định đứng lên chống lại Kẻ Ác Độc An. Hành trình đi tìm sự thật đã đưa cậu đến gặp Thiên Thần Digimon, một linh hồn tại nguyên ban của mọi Digimon, và cũng là người đã ban cho Takeru sức mạnh đặc biệt. Dẫn dắt bởi suy nghĩ đầy tinh thần công bằng và lòng dung hòa, Takeru và Digimon của mình hợp tác với các Digidestined khác để chiến thắng Kẻ Ác Độc An và khôi phục lại sự cân bằng giữa thế giới con người và Digimon.