Truyện "Hoán Đổi Diệu Kỳ" bắt đầu bằng việc hai học sinh cấp ba, cô nàng nổi tiếng với số lượng fan hùng hậu là Lily và chàng hotboy lạnh lùng luôn giữ khoảng cách với mọi người là Alex, đột ngột bị hoán đổi cơ thể sau khi gặp tai nạn trong một trận đánh nhau ngoài trời. Trước sự chấp nhận từ đôi bạn hiểu biết, cả hai phải học cách điều chỉnh cuộc sống, bí mật và thậm chí là cảm xúc của đối phương.
Lily, người đã quen với sự chú ý và tôn sùng từ mọi người, bây giờ phải đối mặt với cảm giác lạ lẫm khi bị coi thường và phải trải qua những khoảnh khắc hài hước khi phải học cách làm một cô gái chân thực hơn. Trong khi đó, Alex, người luôn che giấu tâm hồn mình dưới lớp vỏ lạnh lùng, giờ đây phải đối diện với việc phải trải qua sự ngưỡng mộ không mong muốn và phải đối mặt với cảm xúc lạ lẫm mà cô gái kia đã từng trải qua.
Hai con người hoàn toàn ngược lối với nhau, nhưng từ sự hoán đổi này, họ dần hiểu được những khía cạnh mới của đối phương, thấu hiểu hơn về bản thân mình và nhận ra rằng, dưới lớp vỏ bề ngoài, ai cũng có những nỗi lo riêng và cảm xúc sâu kín biến động từng ngày. Sự hoán đổi diệu kỳ đem đến cho họ cơ hội hiểu nhau hơn, đồng thời mở ra những trải nghiệm mới mẻ và ý nghĩa trong cuộc sống học đường náo nhiệt.