Trong một tổ chức tình báo bí ẩn, Kindaichi - một điệp viên huyền thoại ẩn mình giữa hàng ngàn đội đặc nhiệm khác. Tuổi tác không làm tâm hồn anh trở nên già nua, mà ngược lại, mỗi năm tháng đã làm cho kindachi trở nên càng tinh tế và đáng sợ hơn. Sứ mệnh lần này không phải là ngăn chặn một vụ án buôn lậu ma túy hay ngăn chặn một cuộc đảo chính quốc gia, mà là về một vụ án được cho là "Không thể giải thích được".
Những hiện tượng siêu nhiên mù quáng đang xảy ra và rồi biến mất không dấu vết tại nhà máy điện hạt nhân lớn nhất thành phố. Kindaichi đã một lần nữa gánh trách nhiệm giải quyết vấn đề khó hiểu này. Thế nhưng, sự thật mà anh phải đối diện hóa hóa ra lại là một khía cạnh tinh vi và tăm tối của con người mà anh không bao giờ ngờ đến. Qua những đoạn thư từ chính tay những người bí ẩn, Kindaichi dần khám phá ra một mạng lưới âm mưu khắc nghiệt, đe dọa toàn bộ nhân loại.
