Truyện Thần Ma Thiên Sát xoay quanh cuộc hành trình của Thiếu Lâm Tử, một cao thủ võ thuật tài ba nhưng mang trong mình một bí mật đen tối. Trong quá khứ, Thiếu Lâm Tử đã bị phản bội và bị kết án là Thần Ma, kẻ mang tội danh sát nhân. Thời gian trôi qua, anh tự tập luyện để trở nên mạnh mẽ hơn, với mục tiêu truy tìm sự thật đằng sau án oan của mình.
Trên đường đi, Thiếu Lâm Tử gặp gỡ Linh Hồn Ánh Sáng - một nữ sát thủ tài năng nhưng lãnh đạm, theo đuổi tri thức và công lý. Dù ban đầu họ cùng hợp tác với mục tiêu chung nhưng từng bước, bí mật về quá khứ của Thiếu Lâm Tử bắt đầu hé lộ, khiến cả hai phải đối mặt với những lựa chọn đạo lý khó khăn.
Khi cuộc truy tìm cuối cùng đưa họ đến nguyên nhân gốc rễ của mọi bi kịch, họ phải đối diện với một âm mưu lớn hơn ngoài tưởng tượng và hành động cuối cùng của họ sẽ quyết định số phận của cả Thế Giới Võ Thuật. Thần Ma Thiên Sát không chỉ là cuộc hành trình để tìm sự công bằng cho bản thân mà còn là cuộc trao đổi giữa tội lỗi và trừng phạt, tha thứ và báo thù.