Trên vùng đất phong phú của Gensokyo, cuộc hành trình của ba cô gái nhà tiên tri - Sunny Milk, Luna Child và Star Sapphire - không ngừng gặp phải những thử thách kỳ lạ và đầy bí ẩn. Một ngày, họ nhận được một nhiệm vụ đặc biệt từ Hội Thánh: phải điều tra nguồn gốc của một thứ tinh thể lạ màu ánh bạc, được cho là gây ra sự biến dạng của các sinh vật trong khu vực.
Trên đường đi, ba cô gái đã gặp phải hàng loạt trở ngại khó khăn, từ những trận rủi ro của Kappa đến sức mạnh siêu nhiên của các youkai huyền bí. Trái ngược hoàn toàn với sự nghịch ngợm và tinh nghịch hàng ngày, họ phải đối diện với nguy hiểm thực sự và học cách chiến đấu để bảo vệ Gensokyo khỏi hiểm hoạ ẩn đằng sau tinh thể huyền bí.
Tuy nhiên, khi họ đi sâu vào cuộc điều tra, họ phát hiện ra một bí mật kinh hoàng: tinh thể không chỉ là nguyên nhân của sự biến dạng, mà còn là một mảnh ghép quan trọng cho một âm mưu lớn hơn, có thể đe dọa đến sự cân bằng của Gensokyo. Liệu ba cô gái nhà tiên tri có thể giải mã bí ẩn và ngăn chặn mối đe dọa này, hay họ sẽ phải đối mặt với một kết cục đen tối không ai mong muốn...?
